Im Gegensatz zum Desktop-Rechner werden HandheldPCs nie wirklich ausgeschaltet. Stattdessen läuft der Handheld im Standby-Betrieb weiter - quasi auf Sparflamme mit geringst möglichem Stromverbrauch. Strom wird im Standby-Betrieb dafür verbraucht, den Inhalt des flüchtigen Programm- und Datenspeichers, das RAM, aufrecht zu erhalten. Das heißt: Auch wenn der Handheld nicht benutzt wird, wird die Hauptbatterie des Geräts im Laufe der Zeit leer. Wie lange die Hauptbatterie im Standby-Betrieb hält, ist von Gerät zu Gerät unterschiedlich.
Liefert die Hauptbatterie nicht mehr genügend Strom, greift gegebenenfalls noch eine vorhandene Backup-Batterie oder Backup-Schaltung im Gerät, um für kurze Zeit - wenige Minuten bis maximal einige Stunden - den RAM-Inhalt zu erhalten, bis ein Ladegerät angeschlossen wird. Ist auch über die Backup-Batterie keine Stromversorgung mehr möglich, verliert das RAM alle gespeicherten Daten und Programme, das Gerät wird in den Ausgangszustand zurückversetzt.
Der Begriff Ausgangszustand bezeichnet den Moment der Erstinbetriebnahme des Handheld. Adressen, Termine, Dokumente, Daten, die seither gespeichert wurden, sind verloren. Das selbe gilt für nachträglich installierte Software. An Programmen steht in diesem Ausgangszustand nur das zur Verfügung, was im ROM des Handheld gespeichert ist. Das ROM ist eine Art unveränderlicher Festspeicher, in dem das Betriebssystem, seine Komponenten und einige Zusatzprogramme wie Office CE residieren. Nur der Inhalt des ROM bleibt erhalten, wenn Haupt- und Backup-Batterie zugleich aufgebraucht sind.
Bei älteren Geräten ist das ROM tatsächlich unveränderlich "gebrannt", wie man sagt. Entsprechend lassen sich das Betriebssystem und die Programme im ROM nicht neu installieren und z.B. durch aktuellere Versionen ersetzen. Updates und Bugfixes sind dennoch möglich, indem nämlich im ROM gespeicherte Dateien durch andere Versionen im RAM "überschrieben" werden. Das Betriebssystem sucht eine Datei nämlich zunächst im RAM, erst dannach im ROM. Tatsächlich ersetzt werden die Files dabei nicht. Nach einem Hardreset oder völligem Stromverlust sind Bugfixes und Updates ebenso verloren wie andere Daten im RAM auch.
Der Festspeicher der meisten moderneren Handhelds wird deshalb als FlashROM ausgelegt. Mit geeigneten Tools ist es möglich, den Inhalt des FlashROM zu löschen und neu zu beschreiben. Für den Hardware-Hersteller ist es auf diese Art leichter, aktualisierte oder fehlerbereinigte Software-Versionen dem Anwender zur Verfügung zu stellen; herkömmliche ROM-Bausteine können nur einmal beschrieben werden und müßten für ein Update also ausgebaut und ersetzt werden. Für den Anwender liegen die Vorteile auf der Hand: Updates sind schneller und in höherer Frequenz verfügbar, meist kostengünstig wenn nicht gratis zu bekommen, und sie bleiben auch nach einem Hardreset erhalten.
Die Vorteile des FlashROM bleiben aber auf Betriebssystem und mitgelieferte Programme beschränkt. Aktuelle Handhelds bieten deshalb neben flüchtigem RAM und nicht-flüchtigem (Flash)ROM noch zusätzlich sogenannten Flash-Speicher, volkstümlich oft als FlashRAM bezeichnet, der seinen Inhalt auch ohne Stromversorgung aufrecht erhalten kann. Anders als im ROM kann im Flash-Speicher beliebiger Inhalt abgelegt werden, Daten ebenso wie Programme. Der Inhalt des Flash-Speicher kann jederzeit vom Benutzer gelöscht oder geändert werden. Die Art und Weise, wie auf diesen Flash-Speicher zugegriffen wird, ist von Gerät zu Gerät unterschiedlich. Meist wird der Inhalt des Flash-Speichers als eigenes Verzeichnis ins Dateisystem eingebunden.
Verfügt der eigene HandheldPC nicht über Flash-Speicher, kann ein im Prinzip ähnlicher Speichertyp nachgerüstet werden: CompactFlash-Karten können in praktisch allen HandheldPCs seit Version 1.0 eingesetzt werden, in aktuelleren Geräten zusätzlich oder stattdessen die deutlich kleineren SD- und MMC-Karten. Solche Speicherkarten gibt es je nach Format mit Kapazitäten von inzwischen mehreren GByte - für CE-Geräte schier unendlich viel Speicher. Wie Flash-Speicher behalten Speicherkarten auch ohne aktive Stromversorgung alle gespeicherten Daten, sogar wenn sie aus dem Gerät entfernt werden. Das heißt, daß solche Speicherkarten in beliebiger Stückzahl benutzt und mitgeführt werden können, daß jederzeit die gerade benötigte Karte eingeschoben werden kann mit den gerade interessanten Daten oder Programmen.
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